Чтение онлайн

Российские ученые придумали систему «Онкофайндер», которая может подбирать препарат для лечения конкретной опухоли, а также использоваться для поиска новых лекарств при лечении рака. Команду поддержали инвесторы

section class="box-today"

Сюжеты

Здравоохранение:

Летальный вирус

Закат бесплатной медицины

/section section class="tags"

Теги

Здравоохранение

Медицина

Наука

/section

Талантливый биолог объединился с талантливым математиком. Потом к ним присоединился талантливый программист-организатор-бизнес-ангел. И чуть позже — талантливый венчурный инвестор. В результате почти утопическая идея — лучше лечить рак — превратилась во вполне рабочую систему, которая, беря за основу данные о конкретной опухоли, в виртуальном режиме исследует данные о ней вдоль и поперек, представляя профиль опухоли. Затем система подбирает из списка таргетных препаратов те лекарства, которые будут наиболее эффективны для пациента. Причем не просто выдает один препарат, а ранжирует их по степени эффективности.

figure class="banner-right"

var rnd = Math.floor((Math.random * 2) + 1); if (rnd == 1) { (adsbygoogle = window.adsbygoogle []).push({}); document.getElementById("google_ads").style.display="block"; } else { }

figcaption class="cutline" Реклама /figcaption /figure

Уже сейчас система тестируется в нескольких российских онкологических клиниках. Аналогов в мире у нее пока нет. И на горизонте никто не маячит, хотя известно, какие силы и суммы работают в области мировой онкологии. Крупные компании уже интересовались разработкой, позвякивая денежками. Но наша компания пока наращивает капитализацию.

Глядя на эту команду, проникаешься не только оптимизмом, но и гордостью. Ведь есть же в отечестве таланты, ведь можем не только блоху подковать, а вырваться вперед в мировом пелотоне, да еще и инвесторов своих найти.

Если сложить биолога с математиком

Живыми существами Антон Буздин начал интересоваться лет с шести. Он обожал передачу «В мире животных», которая привела его в биологический кружок. Разумеется, сказалась и семейная атмосфера. Папа — известный физик, мама — выпускница Физтеха, друзья семьи — под стать. Среди них было немало биофизиков, которые любили потолковать о самой модной области — молекулярной биологии. Антон из разговоров этих понял, что молекулярная биология — это наикрутейшая часть той науки, которую он полюбил с раннего детства. Так что никаких метаний с выбором профессии не было. Последний год школы — усиленная работа с репетиторами, и вот он уже студент биофака МГУ. Причем кафедры молекулярной биологии, считавшейся едва ли не лучшей на факультете. Интересно, что самое сильное влияние на него поначалу оказали даже не известные преподаватели, а однокурсники. «Они были все такие суперсерьезные, такие целеустремленные, так жаждали сделать великие открытия в науке, — рассказывает Антон. — Ну и я, соответственно, в эту струю влился». После окончания МГУ Буздин поступил в аспирантуру Института биоорганической химии им. М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, где попал в лабораторию Евгения Давидовича Свердлова, которого называет великим и могучим.

В лаборатории Антон занялся очень интересной темой: чем мы отличаемся от обезьян на генетическом уровне. Я посмеялась: наверное, не столь уж многим. «Как сказать», — усмехнулся Антон. Шимпанзе может удерживать в голове три задачи, а мы семь, они лучше лазают по деревьям, зато мы лучше контролируем свои эмоции, читаем книжки и вообще существенно умнее. В лаборатории нашли целый ряд мобильных элементов — таких последовательностей ДНК, которые могут случайным образом встраиваться в гены и иногда существенно менять их работу. Так вот, один из таких мобильных элементов, состоящий, кстати, из вирусных фрагментов, которыми напичкан человеческий геном, встроился в один из генов, активных в нашем гипокампе. Тем самым он усилил работу гена, ответственного за контроль над эмоциями и мыслительные процессы. Так что, вполне вероятно, что вирусы, давно вселившиеся в нашу ДНК, помогли нам стать гомо сапиенс.

Антон Буздин...

Фото: Олег Сердечников

Еще в лаборатории открыли два новых семейства мобильных элементов, и эти работы цитировались в международных изданиях. Антон защитил сначала кандидатскую, а в 2008 году — докторскую, после чего получил свою лабораторию, которая продолжила изыскания в области генома человека. Попутно он наряду с фундаментальными работами решил заняться той сферой, которая может приблизить фундаментальные открытия к медицине. Ученые стали изучать особенности генома, связанные с развитием рака. Я удивилась: чем-чем, а исследованиями в области онкологии занимаются тысячи групп по всему миру плюс крупные корпорации. Есть ли смысл влезать в этот марафон? «Есть, — улыбнулся Антон, — все занимались, да не так, как мы. У нас были экспериментальные методики, которые позволяли изучать эту область по-другому. Правда, было это несколько лет назад, когда секвенирование генома было дорогим удовольствием. Сейчас, когда секвенирование и микрочипирование, позволяющие быстро изучать и сравнивать фрагменты ДНК, стали существенно дешевле, все более ранние методики были отброшены, в том числе наши. Тем не менее мы не потеряли преимущества, потому что стали использовать огромные массивы данных, в то время как большинство других исследователей выбирают, как им кажется, наиболее значимые кусочки, а все остальное отбрасывают». На самом деле никто толком не знает, что более значимо, а что нет. Вспомним, что еще совсем недавно большая часть нашей ДНК считалась «мусором». А потом выяснилось, что там есть большое количество регуляторных элементов, управляющих геномом.

Для многих команд, работающих в онкологии, обработка больших массивов данных до сих пор остается камнем преткновения. «Лет пять назад мне на одной из конференций посчастливилось встретиться с замечательным биофизиком-математиком из Биофизического центра имени Бурназяна — Николаем Борисовым», — рассказывает Антон. Буздин выступил со своим докладом о сравнении шимпанзе и человека. Борисов со своим — о моделировании клеточного сигнала, приводящего к делению клетки. Каждый получил свою премию за доклад, а на фуршете они обменялись визитками и договорились встретиться.

«Мы решили объединиться, когда Антон показал мне данные об анализе экспрессии генов нескольких больных раком, лечившихся в Институте Герцена, — рассказывает Николай Борисов . — Он спросил моего мнения, как можно извлечь из всего этого практический результат, который могли бы применять врачи. И тут одновременно мы высказали одно и то же предположение: сейчас определяют уровень экспрессии небольшого количества генов, участвующих в развитии рака, а это очень узкий взгляд на проблему». Наши же ученые решили замахнуться на глобальный подход.

Что вообще происходит в раковой клетке? «Клетка становится раковой не мгновенно, — объясняет Антон Буздин. — Накопление мутаций может идти годами. Совокупность всех процессов в клетке все время изменяется и в конце концов приводит к тому, что клетка превращается в раковую. Параллельно идут процессы влияния на изменяющуюся клетку со стороны иммунной системы. Это огромный клубок взаимодействий». Выяснилось, что в раковой клетке по сравнению с нормальной примерно 10 тыс. генов работают по-другому. Но мутации в этих генах необязательно отражают текущее состояние раковой клетки. Допустим, была какая-то инициирующая мутация, которая на определенном этапе сыграла важную роль, но потом процесс продолжался, становились важными другие изменения. Если же выбрать мишенью инициирующую мутацию и попытаться ее заблокировать, терапия может быть бесполезной. «Поэтому мы изучаем даже не мутации генома, а транскриптом раковой клетки — совокупность всех синтезирующихся молекул: белков, мРНК, некодирующих РНК, — продолжает Антон. — Именно эти данные показывают реальные текущие процессы в клетке».

...и Николай Борисов впервые в мире решили создать максимально подробную картину опухоли

Фото: Олег Сердечников

Николая Борисова давно терзала мысль о том, почему даже так называемые таргетные препараты могут не достигать цели и что с этим можно поделать. «Сигнальные пути в клетке — это в основном взаимодействия белка с белком, — говорит он. — В конце концов эти взаимодействия доходят до ядра и заставляют клетку делиться. Но сигнальные пути не столь прямолинейны, они сильно разветвлены. И даже если нам кажется, что мы перекрыли одно взаимодействие, то сигнал может пойти по другой ветке». Поэтому даже таргетные препараты, которые вроде действуют на конкретную мишень, не всегда могут быть действенными: «А вы понимаете, что препараты эти, во-первых, весьма недешевы, а во-вторых, отнимают драгоценное время и даже вредят: пациент проходит курс одним препаратом, затем другим, третьим, а лекарства-то токсичны».

Наши ученые решили создать максимально подробную картину опухоли. Для этого нужно было включить в систему данные экспрессии почти 10 тыс. вовлеченных в рак генов (пока включено 7 тыс.) из огромного количества образцов, около 300 известных на сегодня сигнальных путей, также вовлеченных в рак, и около 300 метаболических путей (например, биосинтеза или распада веществ внутри клетки). И все это богатство данных нужно было «перемножить» и измерить количественно, чтобы, к примеру, знать, какие сигнальные пути в конкретном случае усилены, какие ослаблены и насколько. Тогда возможно получить представление, конечно, не совсем полное, но достаточно объемное, о том, что происходит в клетке на элементарном уровне. «Этот уровень достаточно элементарен, чтобы описать ситуацию подробно, — говорит Антон, — но в то же время слишком масштабен, чтобы понять его человеческим мозгом». Борисов же смог создать такой алгоритм, который сводит все это огромное количество данных к понятной информации. До него сделать это никто не смог. Результат этих вычислений может подсказывать, на какую мишень или мишени в первую очередь нужно воздействовать. С помощью этой системы можно также оценить, насколько успешна применяемая терапия.